A Pousada do Palácio de Estoi nasce da recuperação de um antigo Palácio do século XVIII, que pertencia inicialmente ao Visconde de Estoi – José Francisco da Silva. Após a sua morte, o Palácio foi mantido na respectiva família até 1987, ano em que foi comprado pela Câmara Municipal de Faro.
Num projecto da responsabilidade do Arquitecto Gonçalo Byrne, sendo o paisagismo é da autoria do Arqto. Paisagista João Ceregeiro, a Pousada do Palácio de Estoi veio integrar a rede de pousadas históricas da Enatur e reforçar a rede de pousadas do Algarve, juntando-se às de Sagres, São Brás de Alportel e Tavira, passando igualmente a ser gerida pelo grupo Pestana.